Communication Dans Un Congrès Année : 2011

NeMo: Fast Count of Network Motifs

Michel M. Koskas
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1202708
  • IdRef : 069842000
Gilles G. Grasseau
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 900814
Etienne E. Birmelé
Stephane S. Robin

Résumé

Networks is now the most popular way to describe interaction between biological objects. Studying network motifs is of particular interest in systems biology because these building blocks constitute functional units. We propose a tool to compute and statistically study the total number of occurrences of a given connected sub-graph, called topological motif, in a network. This tool relies on two very efficient algorithms to enumerate and/or count all the occurrences of a given topological motif in a given graph. Moreover, it implements approximate p-value computation in several probabilistic graph models extending some previous statistical results. The method is available through an R package named NeMo.
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NeMo_Fast_Count_of_Network_Motifs.pdf (107.55 Ko) Télécharger le fichier
Origine Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

hal-01000038 , version 1 (27-01-2025)

Licence

Identifiants

  • HAL Id : hal-01000038 , version 1
  • PRODINRA : 182978

Citer

Michel M. Koskas, Gilles G. Grasseau, Etienne E. Birmelé, Sophie S. Schbath, Stephane S. Robin. NeMo: Fast Count of Network Motifs. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2011, Paris, France. pp.53-60. ⟨hal-01000038⟩
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